REMAR Ecuador desde sus comienzos tiene como misión mejorar las condiciones de vida de los niños y niñas, familias, y hombres y mujeres que llegan hasta Remar a solicitar ayuda, y lo hace a través de proyectos autosostenibles, y trabajando con las personas de forma integral. La finalidad última es propiciar cambios estructurales que contribuyan a la disminución de la pobreza, y cada proyecto que se desarrolla, se hace siempre con personal que trabaja y se implica de forma voluntaria.
Uno de los objetivos de Remar Ecuador es luchar contra la marginación, el hambre, la deficiente nutrición, la miseria, la enfermedad, el subdesarrollo y la falta de instrucción; y trabajar para erradicar las causas estructurales que las producen: la injusticia, el desigual reparto de los bienes y las oportunidades entre las personas y los pueblos, la ignorancia, los prejuicios, la insolidaridad, la indiferencia y la crisis de valores humanos y cristianos.